1.取样:首先按着生产要求确定要筛选的菌种特性，然后根据生态特点从自然界取 样。如要筛选能分解纤维素的菌种，就从堆积和腐烂的纤维素取样。如果不了解要寻找的 微生物的生态条件，一般是从土壤取样分析，如新抗菌素产生菌的筛选大都从土壤取样。 因为上壤中微生物种类很多。从土壤取样，先将表土刮去2~ 3cm。选3-5个样点，每点取 土log左右，混合包好，注明采集地点、生态条件、日期等。
2.富集培养:取样后可直接进行分离菌种，也可以按照要求，对菌种进行定向富集培养，让需要的微生物大量生长繁殖，使不需要的菌不生长或很少生长，以提高筛选效率。如需要高温菌，就在高温条件下培养;要得到淀粉分解菌，就利用淀粉培养基培养。
3.分离:在自然条件下，各种微生物混杂生活在一起，要得到优良菌种就要进行分离纯化.常用稀释分离法和划线分离法。
取lg样品放人装有9 9rn!无菌水的三角瓶内，充分搅动混匀，静置，用无菌吸管取上清液lml，放入9m1无菌水试管中，摇匀，静置，再取lml上层液，放人9m1无菌水试管中。 依此类推，以无菌水将样品逐步稀释，直至得到单个微生物细胞。或者，取lm]稀释液，放于无菌平板培养基上，轻轻晃开，使稀释液均匀分布于整个平板表面，在培养后，每个细胞长成的菌落能分开，这就是稀释分离法。该法冗长繁杂.应用受到局限，